Algodón

Con el establecimiento de las maquilas textileras, el mercado para la producción de este rubro permite una nueva reactivación de la cadena productiva. Por lo que la demanda de nuevas variedades de fibra larga y gruesa, el manejo integrado de plagas y enfermedades son las primicias de la investigación para este cultivo garantizando la protección del medio ambiente y las cuencas hidrográficas.

Ajonjolí

Las investigaciones se orientan en función del mercado internacional con la búsqueda de nuevos cultivares para la industria de aceites no saturados, la determinación de las densidades poblaciones y la fertilización edáfica para las dos zonas productoras (isla de Ometepe y León), además de la industria alimenticia y cosmética es el mercado promisorio para este cultivo.

Soya

Las prioridades de investigación se establecen en función de la industria de aceites alimenticios y fuente de proteínas de consumo humano, alimentos balanceados, por lo cual la generación de nuevos cultivares es prioridad, así como el desarrollo de tecnologías para la conservación del medio ambiente.  Los esfuerzos de investigación estarán dirigidos a la generación de nuevas variedades con mayores rendimientos de grano, y el control de plagas y enfermedades.

Maní

Las prioridades de investigación se establecen en función de la problemática fitosanitario por lo cual la generación de nuevos cultivares con alto contenido oleico es una prioridad.  Los esfuerzos de investigación estarán dirigidos a la generación de nuevas variedades con mayores rendimientos de grano, y el control de plagas y enfermedades.