En ganadería la investigación se dirige fundamentalmente a generar, validar y transferir tecnologías sobre sistemas de rehabilitación, establecimiento y manejo de pasturas y bancos forrajeros, alimentación de verano (investigaciones económicas) y prácticas de manejo zoosanitario.

La problemática a la cual responden las investigaciones es por la alimentación de verano con mayor énfasis en las zonas central y pacifico, y con acentuado énfasis en las zonas ganadera por excelencia en la zona central húmeda y atlántica donde se resiente la falta de alimentos en la época seca producto del despale y avance de la frontera agrícola. La producción de lácteos y carnes de exportación con énfasis en la producción orgánica para la exportación. La estrategia se centrará en la evaluación de cultivares de gramíneas promisorias para la zona seca y húmeda, la utilización de árboles como fuentes de proteína para el consumo animal (bancos de proteínas).